MS Störtebeker steht als Spezialschiff für Charteraufträge zur Verfügung. Ob als Baustellenversorger für Offshoreprojekte  im Wattenmeer (z.B. Horizontalbohrungen bei/unter Norderney), zur Bergung von gestrandeten Seecontainern oder als Versorger in küstennahen Gewässern vor Schleswig Holstein -  MS Störtebeker ist mit wenig Tiefgang ,  Ankerpfahl und erfahrener Stammbesatzung die erste Wahl für besondere Projekte.

Das Kerngeschäft  ist die Entsorgung der ostfriesischen Inseln Juist, Norderney und Baltrum. Im Auftrag der für die Abfallentsorgung der jeweiligen Inseln zuständigen Unternehmen übernimmt die Entsorgungsreederei den Transport der vollen  Abfallcontainer zum Festland und der leeren Container zurück.